Les antibiotiques, en éliminant les bactéries responsables d’une infection, déséquilibrent aussi le microbiote intestinal, c’est-à-dire la population de bonnes bactéries qui participent à la digestion, à la protection de la muqueuse intestinale et à la modulation de l’immunité locale. Ce déséquilibre, qu’on appelle dysbiose, peut apparaître dès quelques jours de traitement et persister plusieurs semaines, voire plusieurs mois après l’arrêt de l’antibiotique.

Or, la dysbiose est aujourd’hui reconnue comme un facteur de risque de TFI (trouble fonctionnel intestinal), notamment de syndrome du côlon irritable post-infectieux. Ce phénomène est bien documenté après des infections gastro-intestinales traitées par antibiotiques, mais peut aussi apparaître après une simple cure pour une infection respiratoire ou urinaire.

Outre la dysbiose, certains antibiotiques peuvent irriter directement la muqueuse intestinale ou perturber la motricité digestive, contribuant à l’apparition de ballonnements, crampes intestinales, ou problèmes de digestion. Ces symptômes sont parfois transitoires, mais chez certaines personnes, ils s’installent dans la durée, évoluant vers un véritable TFI.

Qui est à risque ?

• Les personnes ayant déjà un terrain digestif fragile (antécédents de colopathie fonctionnelle, intestin sensible).
• Celles ayant reçu plusieurs cures d’antibiotiques rapprochées.
• Les patients ayant eu une infection digestive bactérienne nécessitant des antibiotiques.

Conseils pratiques

• Pendant ou après une cure d’antibiotiques, il est souvent recommandé de soigner son alimentation, notamment en consommant des yaourts (natures de préférence) qui contiennent naturellement des probiotiques, de privilégier les fibres douces voire d’envisager une supplémentation en probiotiques (sous conseil médical) pour rééquilibrer le microbiote.
• Si des symptômes digestifs persistent plusieurs semaines après l’arrêt des antibiotiques, une consultation chez un gastro-entérologue est recommandée.